Najpogostejše težave pri odvzemu so: • Manjša količina zbrane popkovnične krvi. • Odvzem popkovnične krvi ni možen zaradi nepredvidljivega porodniškega zapleta. • Kri iz popkovnice lahko med prevozom v laboratorij koagulira. Zaradi tega je število matičnih celic v odnosu s prostornino krvi manjše kot običajno.